O GUPE realiza projetos de pesquisas institucionais, com e sem apoio financeiro, com o objetivo de explorar, mapear e cadastrar novas cavernas, além de realizar estudos sobre os aspectos geológicos, biológicos, cultural, turístico e do uso do solo no entorno destes ambientes.​

Com as pesquisas, o GUPE tem como foco ampliar o conhecimento e garantir a proteção efetiva do patrimônio espeleológico, mantendo a integridade física dos ambientes subterrâneos, como de toda a geodiversidade e biodiversidade, envolvendo todos os seus elementos, seus aspectos históricos e culturais, os processos, as formas e feições resultantes destes.​

Além dos projetos institucionais, membros do grupo desenvolvem projetos de graduação, mestrado e doutorado nas áreas de geografia, biologia, geologia e turismo, envolvendo pesquisas em cavernas.​

O grupo já desenvolveu trabalhos em Ponta Grossa, Palmeira, Carambeí, Castro, Tibagi e Cerro Azul (Paraná) e Florianópolis (Santa Catarina).